Hallo Carsten,
Was Martin meint, ist bei deinem Bahnhof leicht erkärt.
Deine Gleisnummerierung dürfte vom hintergrund beginnn in richtung Vordergrund stattfinden, also Gleis 1 hinten, Gleis 2 in der Mitte, Gleis 3 vorne, davon abzweigend die beiden Stumpfgleise 3 a und 3 b.
Im Moment hast du noch im Bild am oberen Rand, wo dein Sessel zu sehen ist, eine Linksweiche liegen die bei der Gleiseinfahrt direkt in Gleis 2 führt und im Bildvordergrund iegt eine Weiche welche auch über den geraden Ast/Strang ebenfals Gleis 2 direkt anbindet. Für eingleisige Bahnstrecken durchaus machbar, würde aber voraussetzen, daß von der Rechtsfarordnung abgewichen wird. Preußische Bahnstationen zeichnen sich dadurch aus, daß sie mit viel Patzbedarf geplant, erstellt und gebaut wurden, von der rechtsfahrordnung bei Zugbegenungen innerhalb von Bahnhöfen wurde nur sehr, sehr selten abgewischen. Dein zufällig von dir geplantes Gleisbild entspricht eher einer Gegend wo bei der Eisenbahn der sonst typische Linksverkehr herrscht.
Planen wir deinen Bahnhof etwas um und vervollständigen ihn nach preußischen Maßstäben. Die Rechtsweiche im Vordergrund des Bildes sollte mit dem geraden Ast/Strang direkt nach Gleis 1 führen und wird somit zu einer Linksweiche. Vom Abzweigenden Ast dieser Weiche führt eine weitere Weiche (auch eine Rrchtsweiche) direkt in Gleis 3, wo dessen abzweigender Ast nach Gleis 2 führt. Am anderen Bahnhofsende kann ja ruhig die Linksweiche liegen bleiben, einfahrende Züge werden über den geraden Ast, direkt nach Gleis 2 geführt und kommen so bei Weichen Grundstellung (gerader Ast) nie in Konflikt mit entgegenkommenden Zugfahrten.
Über die Verwendung, von früher mal existierenden Schutzweichen, brauchen wir uns nur in soweit zu unterhalten, daß diese in der Epoche V/VI welche du darstellen willst, nicht mehr erforderlich sind und bereits schon ab Epoche IV teilweise ausgebaut wurden.
Schutzweichen dienten früher dazu, bei abgestellten Waggons, wo vergessen wurde, die Handbremse anzulegen, die bei durch Windlast oder Rangierfehlern in Gang gesetzten Waggons, nicht Hauptgleise einfahren konnten und durch einen Prellbock ausgebremst oder zur Zwangsentgleisung, weg von den Hauptgleisen gebracht werden sollten. Gleissperren übernemen heutzutage diese Aufgabe zur Zwangsentgleisung, Hemmschuhe sollen ablaufende Waggons ausbremsen (Hemmschuhe werden, ähnlich wie Bremskeile bei Straßenfahrzeugen, vor ein Rad des Güterwagens gelegt nach der Seite wo er nicht ablaufen darf). Läuft ein Güterwagen auf einem Hemmschuh auf, blockiert der Hemmschuh das Rad und schlittert mit erhöhter Reibungsfläche über das Gleis was den Waggon abbremst.
Dein Bahnsteig wird als Inselbahnsteig zwischen Gleis 1 und 2 gesetzt der Zugang zum EG = Empfangsgebäude erfolgt über einen Tunnel oder eine Brücke, welches bei dir am Hintergrund deiner Dachschräge stehen müßte.
Unter preußischen Gesichtspunkten war früher Gleis 1 der Hausbahnsteig und etwas versetzt dazu Gleis 2 über einen ebenerdigen Zugang auf Gleisniveau (Übergang) zu erreichen, vieleicht befand sich sogar früher mal ein weiteres Gleis zwischen dem heutigen Gleis 1 und 2, so daß bei der Bahnhofsmodernisierung, dieses abgebaut wurde und der breitere Inselbahnsteig errichtet wurde. Du könntest als Erinnerung daran, dein jetztiges Gleis 2 in Gleis 3 umbenennen, die Gütergleise wären dann die Geise 4, 4 a und 4 b. Das ist nichts ungewöhnliches, daß in manchen Bahnhöfen irgendwelche Gleisnummern fehlen, bei wäre der Bahnsteig dann zwischen Gleis 1 und 3.
Kommen wir zu einem wesentlichen Punkt, zu deinem Güterbereich.
Dir fehlt der Platz für Rangierfahrten und zum verschieben von Waggons zwischen den Stumpfgleisen außerdem fehlt dir ein Aufstellungsgleis, welches von beiden Seiten des Bahnhofs beharbar ist, wo Güterzüge ankommen oder abfahren können, wenn sie Waggons für deine Verladeeinrichtung im Hafen anliefern oder abholen wollen.
Ein Kompromiß wäre, das Hafenbecken schräg in Richtung Hauptgleis anzuordnen. Das Verladegeis parallel zur Kaimauer mit Prellbock vor dem Hauptgleis enden lassen. Das danebenliegende Pallelgleis ebenfalls, dort werden bereits entladenen oder schon beladene Waggons abgestellt.
Die weiche zur Rückführung auf das benachbarte Bahnsteiggleis solltest du hinter die Weiche zum Kaimauergleis setzen, das verlängert dir den Umfahrungsbereich im vorderen Teil des Gütergleises. Im vorderen Teil sollte eine Weiche eigebaut werden (Linksweiche) wo der gerade Ast dann als Ausziehgleis für den Rangierverkehr des Verladegleises und des Abstellgleises dient. Leider läßt es sich dann betriebich nicht vermeiden, daß bei der zustellung oder Abholung von Güterwagen, das eine Bahnsteiggleis blockiert ist und der Personenverkehr in beide Richtungen dann von Gleis 1 ausgeführt werden muß. Dir fehlt vom Platz her das 3. Parallelgleis für den Güterverkehr.
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Da hab ich mich ein wenig mißverständlich ausgedrückt. 
Vor allem erklärt Ihr es so gut, daß ich das auch verstehe. 